Struktur organisasi dan hierarki asas sesebuah kampung ninja secara am adalah hampir serupa walaupun terdiri sedikit perbezaan di antara sebuah kampung dengan sebuah kampung ninja yang lain. Secara umumnya, sesebuah kampung ninj akan dikepalai oleh seorang ketua atau bagi kes lima kampung ninja besar, mereka dikepalai oleh seorang ninja yang digelar sebagai Kage. Ketua-ketua di kampung ninja ini akan dibantu oleh satu badan kaunsel, yang mana ianya terdiri daripada ninja-ninja veteran dan juga ninja-ninja yang berpangkat tinggi atau berpengaruh di kampung mereka. Secara khususnya, kuasa ninja di sesebuah kampung terbahagi kepada tiga bahagian iaitu pasukan biasa, unit ANBU dan Pasukan Medik.